矿产资源补偿费征收现状及存在问题，管理方式较落后，个别矿种征费偏低，征收砖厂的矿产资源补偿费，采用估算的办法。目前北海市一县三区合浦县、海城区、银海区、铁山港区对砖厂的征费，由于砖价低、销售困难，一般每个砖厂每月只征收几元，而如果按北海市物价局核定的及矿管部门根据号令征费额公式计算，每个砖厂一个月如果足额征收应在高点。
对石英砂的征费，矿产品数量也是估算出来的，因为开采石英砂更加零星、分散，具流动性和季节性。征管人员征费方法是：对产量较大的采矿点直接与采矿人定费包干；对零星采砂者在源头处设点按车收费，管理方法较落后。对高岭土的征费，销往外地的矿产品数量一般从码头过磅处了解，漏洞较多，也较被动。因为高岭土销售主要用船运输，船一到岸，必须争分夺秒不分昼夜装运，征管人员少，无法长时间守在码头监控，难免有漏单现象，一些采矿者与销售商串通，虚报手段逃避征费，漏洞较大，使征管人员难以掌握数量。
征费方式较落后，依法征费困难目前矿管机构的征费尚采用“上门收租”方式，与缴费人主动申报缴费的方式还有一定距离，从而增加了征费工作难度。主要表现在：一是“讨账式”征费，一些采矿者不按时缴费，征管人员三番五次上门“讨账”，缴费人寻找种种理由拖延，这种现象普遍存在；二是“秋后算总账”，征管人员多次下矿山征费如果收不上来，但又没有强有力的执法手段保障，只好往后推到年底算总账。
征管力量不足，执法手段不强从年起北海市地矿办与土地局合并，年原银海区矿产局又与土地系统归并，在市辖三区均设立了矿管办，与土地部门实行一套人马、二块牌子办公，将土地和矿产实行统一管理，这一趋势是符合中央机构改革精神的，增加了矿管力量和强化了执法手段。但据了解，各区分管矿产的人员极少，每区实际只有人分管。在工作上没有把土地和矿产管理做合理的安排和科学的调配，管土地的只管土地，管矿产的只管矿产，这样征管力量实际上是分散和削弱了，有些部门还没有配备矿管人员。一些基层领导对矿管工作也不够重视，认为征收到的资源补偿费与土地方面的收费比较只是“毛毛雨”，造成了矿管工作缺乏应有的地位和权威，影响矿产资源。
征管人员业务水平参差不齐有些人认为只要完成了上级下达的征费目标就算完成了任务，而严格地说，作为一名征管人员，起码应当做到“三懂”、“四会”，即懂《矿产资源法》及配套法规，懂地矿行政管理专业知识，懂矿山企业生产经营常识；会看会计表，会查账，会辨析免征减征界限，会计算征费额。经了解，在三区征管人员中，真正达到“三懂、”四会“的人员较少，更谈不上专业知识了。征费时只是依据传统方式操作，不考虑有何依据和如何计算，不了解年产量、销售量及销售价格，对一些钉子户进行行政处罚，不熟悉执法程序、方法。